佐助的草薙剑刺入种子核心，剑刃上的“平衡之核”纹路与长门的查克拉共振——他看见长门力量觉醒的真相：当团藏的幻术再次试图控制他时，他张开双臂，体内涌出的不是毁灭之力，而是弥彦和小南残留的查克拉光粒，那些光粒化作结界包裹整个雨隐村，将所有被篡改的记忆还原。而在结界外，弥彦的查克拉光蝶停在他肩头：“长门，你比我更强大，因为你愿意为和平承受误解。”草薙剑的蓝光化作钥匙，打开了长门心底的“自我认同”之门，门后是他用查克拉绘制的“理想乡”全景：雨隐村的孩子们在和平学堂里学习，小南的纸蝶在天空飞舞，而他和弥彦坐在屋顶上，看着夕阳将忍界染成金色。
卡卡西的神威光轮轻轻托起种子，光轮边缘的绷带化作治愈露珠——他看见长门在另一个时空的终局：他站在神无毗桥的樱花树下，将弥彦的头带放在墓前，头带旁是他用查克拉培育的“重逢之花”，花瓣上凝结着弥彦、小南、鸣人的查克拉微尘。而他的轮回眼映出的不再是毁灭，而是三人少年时在雨隐村奔跑的画面，阳光透过纸伞的缝隙，在他们脸上投下斑驳的光影。“伤痛是种子的土壤，而你让它开出了理解之花。”卡卡西的声音穿透记忆，长门虚影的眼角渗出泪水，那泪水落在种子上，催生出“和解”的嫩芽，嫩芽的叶片上刻着：“和平始于倾听，而非征服。”
琉璃将手按在种子上，治愈之力与长门的轮回眼力量交融——她看见所有时空裂隙都开出了“长门之花”：花朵中心是他与弥彦、小南重逢的画面，三人的查克拉化作光雨，治愈所有因战争留下的伤口；花瓣上刻着他救助过的每个忍者的笑脸，从雨隐村的孤儿到木叶的平民；花茎缠绕着他与鸣人的连结记忆，每道查克拉光纹都在诉说“理解比憎恨更需要勇气”。“你不是毁灭者，”琉璃低语，“你是被仇恨困住的梦想家，只是需要有人告诉你，和平的种子早已在你心底。”
就在此时，世界树顶端的终末之种再次共鸣，万千光鳞飞向长门的种子。其中一片光鳞落入他被团藏欺骗的时空：少年长门在雨隐村的废墟里，突然看见墙壁裂缝中渗出光雨，光雨里映出鸣人、佐助、卡卡西、琉璃的笑脸，他们齐声说：“我们来告诉你真相。”另一片光鳞飘向他发动神罗天征的时空：当他的查克拉即将摧毁木叶时，光鳞化作弥彦的头带挡在面前，头带上的“雨隐”二字突然发光，照亮了废墟下挣扎的孩子们，他的手瞬间转向，用万象天引将孩子们护入怀中。
“织命者长门，”六道仙人的声音从光鳞核心传来，“当你接纳自我，时空的苗圃便多了一株理解之树。”话音未落，长门的种子突然炸裂，化作光茧包裹住四人。鸣人感觉体内的连结之力与长门的轮回眼力量共鸣，金色尾兽衣上浮现出轮回眼图案；佐助的草薙剑吸收光茧能量后，刀刃能映照出他人心底的梦想；卡卡西的神威羽翼扇动时，带起的是理解伤痛的光雨，光轮在眉心旋转成“对话”的符文；琉璃的治愈光雨与轮回眼的力量融合，指尖绽放出纸蝶形状的治愈之光。
光茧破裂的瞬间，长门的身影出现在苗圃中央——他穿着雨隐村的传统服饰，掌心的轮回眼不再是紫黑色，而是纯净的琉璃色，里面映出光鳞巨树的全貌：树干是鸣人与九尾的连结之光，枝桠是佐助与鼬的和解之影，根系是卡卡西与带土、琳的羁绊之纹，而他的枝叶正与琉璃的治愈之枝缠绕，共同支撑着树冠上的万千光鳞。“我……”他抬起手，感受着体内流淌的理解之力，“我不是佩恩，我是长门。”
主时空的雨隐村上空，光鳞巨树突然抽出新的枝桠——那是属于长门的理解之枝，每片叶子都能映照出被理解的记忆：白绝在树下诉说被创造的痛苦，长门的轮回眼之光化作土壤，让它长出自我意识的嫩芽；带土的时空校车里，孩子们用长门的理解之光浇灌“和平”树苗，树苗的根系里，埋着他与鸣人、佐助的对话录音；晓组织的基地遗址前，长门的查克拉光蝶停在小南的纸树旁，翅膀扇动时，纸树上“战争”的刻痕逐渐淡去，露出“对话”的真意。
佐助的草薙剑突然指向苗圃深处的裂隙——那里渗出的不再是黑雾，而是无数“理解自我”的光鳞种子。“下一个织命者在呼唤我们。”他低语时，草薙剑的莫比乌斯环化作传送门，门上流动着长门的理解之光、琉璃的治愈之光与三人的连结之力。鸣人握住长门的手，感觉他掌心的温度不再冰冷，而是像阳光般温暖：“准备好了吗？去成为下一个时空的土壤。”
卡卡西的神威羽翼扫过传送门，光轮里浮现出未来的画面：长门在时空裂隙中种下“理解之种”，种子破土时长出的不是树苗，而是由轮回眼光纹组成的桥梁，桥梁连接着所有因误解而敌对的灵魂。而在桥梁尽头，初代与斑的查克拉化作的光鸟正衔来新的种子，种子外壳刻着：“致所有时空的迷茫者，你的声音，值得被倾听。”
当夕阳的光芒穿过光鳞巨树的叶片，鸣人、佐助、卡卡西、琉璃、长门的身影消失在传送门中。主时空的忍者学校里，新一代的孩子们正围着长门之枝听故事，故事的结尾不是“英雄战胜了邪恶”，而是“英雄们化作了种子，而每个愿意倾听的灵魂，都是时空苗圃里照亮误解的光”。而在世界树的最深处，熵寂残响彻底蜕变成理解的生命力，每一次心跳都在低语：“真正的永恒，是让每个‘我’，都能在时光中，听见他人心底的声音。”
此时，传送门的另一端，一枚刻着“血继残响”的种子正在微光中震颤，种子外壳浮现出君麻吕的身影——他的尸骨脉不再是杀戮的武器，而是映出辉夜一族最后的笑脸，而在他身后的时空裂隙里，正渗出无数“我是怪物”的自我否定黑雾。长门的理解之光率先落在种子上，光华中映出他的誓言：“这次，让我们一起倾听被遗忘的声音。”
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